به کارگیری خوشه بندی فازی در ریزآرایه dna

Authors

محسن واحدی

vahedi m research center for gastroenterology and liver diseases, taleghani hospital, shahid beheshti university of medical sciences, tabnak st., tehran, iran.تهران، اوین، خیابان تابناک، بیمارستان آیت ا... طالقانی، مرکز تحقیقات بیماریهای گوارش و کبد دکتر حمید علوی مجد

alavi majd h دکتر یدا... محرابی

mehrabi y بهار نقوی

naghavi b

abstract

سابقه و هدف: فناوری ریزآرایه برای بررسی همزمان بیان هزاران ژن در بازه وسیعی از ژنومیک، نظیر شناسایی ژنها، اکتشاف داروها و تشخیص های کلینیکی مورد استفاده قرار گرفته است. آزمایشهایی که بر اساس فناوری ریزآرایه انجام می شوند حجم بسیار زیادی از داده ها را فراهم می کنند که در مطالعات بیولوژیک بی نظیر بوده است. نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی و ... از جمله روشهای مورد استفاده در تحلیل آماری این نوع داده هاست. هدف این مقاله بررسی نحوه به کارگیری روش خوشه بندی فازی در داده های ریزآرایه dna است. مواد و روش ها: تحقیق به روش توصیفی انجام شده و داده های بیان ژنی سرطان خون گلوب و همکاران (1999) که بر اساس روش آرایه الیگونوکلئوتید تولید شده و از طریق اینترنت در اختیار عموم قرار دارد، با استفاده از روش آماری خوشه بندی فازی، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. خوشه بندی داده های ریزآرایه به صورت خیلی محدود و گرایش بیشتر به سمت خوشه بندی کلاسیک در ایران صورت پذیرفته است و این مقاله شروعی در خوشه بندی فازی داده های ریزآرایه به شمار می آید. مجموعه داده ها شامل 20 بیمار مبتلا به سرطان خون لنفوئیدی حاد (all) و 14 بیمار مبتلا به سرطان خون میلوئیدی حاد(aml) است. کارایی روش خوشه بندی فازی با توجه به گروه بندی واقعی نمونه ها (all و aml) مورد ارزیابی قرار گرفت. نرم افزار r برای تحلیل داده ها استفاده شد. یافته ها: ویژگی روش خوشه بندی فازی در تشخیص افراد aml، 90% و حساسیت آن 93% و صحت آن 91% به دست آمد که نشان دهنده عملکرد خوب این روش است. نمونه سی و یکم که بر اساس یافته های بالینی در گروه aml قرار دارد در گروه all قرار گرفت، همچنین نمونه های دوم و هفدهم که بر اساس یافته های بالینی در گروه all قرار دارد طبق نتایج در گروه aml قرار گرفتند که از نظر بالینی می توانند قابل توجه باشند. نتیجه گیری: خوشه بندی فازی اطلاعات نسبتاً قابل قبولی درباره ساختار داده ها فراهم می کند که با توجه به انطباق نتایج این روش با گروه بندی واقعی داده ها، از این روش آماری می توان در مواردی که اطلاع دقیقی درباره گروه بندی واقعی داده ها در دست نیست، استفاده کرد. به علاوه با بررسی نتایج خوشه بندی ممکن است زیرگروه هایی از نمونه ها را به نحوی متمایز کرد که برای انطباق آن با یافته های بالینی، پژوهشهای آزمایشگاهی یا بالینی جدیدی لازم باشد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

به کارگیری روش های خوشه بندی در ریزآرایه dna

سابقه و هدف: به کارگیری فناوری ریزآرایه dna که امکان بررسی بیان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان ممکن می سازد، در سال های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده های بیان ژنی شده است. تحلیل آماری این داده ها شامل مواردی چون نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی است. هدف این مقاله بررسی نحوه به کارگیری روش های آماری خوشه بندی در داده های ریز آرایه dna است. روش بررسی: در این تحقیق داده های سرطان پ...

full text

به کارگیری روش‌های خوشه‌بندی در ریزآرایه DNA

Background: Microarray DNA technology has paved the way for investigators to expressed thousands of genes in a short time. Analysis of this big amount of raw data includes normalization, clustering and classification. The present study surveys the application of clustering technique in microarray DNA analysis. Materials and methods: We analyzed data of Van’t Veer et al study dealing with BRCA1...

full text

به‌کارگیری خوشه‌بندی فازی در ریزآرایه DNA

سابقه و هدف: فناوری ریزآرایه برای بررسی همزمان بیان هزاران ژن در بازه وسیعی از ژنومیک، نظیر شناسایی ژنها، اکتشاف داروها و تشخیص‌‌های کلینیکی مورد استفاده قرار گرفته است. آزمایشهایی که بر اساس فناوری ریزآرایه انجام می‌شوند حجم بسیار زیادی از داده‌ها را فراهم می‌کنند که در مطالعات بیولوژیک بی‌نظیر بوده است. نرمال سازی، خوشه‌بندی، طبقه‌بندی و ... از جمله روشهای مورد استفاده در تحلیل آماری این نوع ...

full text

به کارگیری خوشه بندی دوبعدی با روش «زیرماتریس های با میانگین- درایه های بزرگ» در داده های بیان ژنی حاصل از ریزآرایه های dna

مقدمه و هدف: در سال های اخیر، فناوری ریزآرایه ی dna نقش اساسی در تحقیقات ژنومی داشته ­است. با استفاده از این فناوری که امکان آنالیز هم­زمان سطوح بیان هزاران ژن را در شرایط مختلف فراهم­آورده­است، به حجم انبوهی از داده ها دست­می یابیم. روش های کلاسیک خوشه بندی نظیر روش های سلسله مراتبی و غیرسلسله مراتبی، روش هایی مناسب برای تحلیل این­گونه داده ها هستند اما محدودیت هایی نیز دارند. در این روش ها فر...

full text

ارایه شاخصی جدید جهت سنجش اعتبار خوشه بندی در الگوریتم های خوشه بندی فازی نوع-2

One of the main issues in fuzzy clustering is to determine the number of clusters that should be available before clustering and selection of different values for the number of clusters will lead to different results. Then, different clusters obtained from different number of clusters should be validated with an index. But so far such an index has not been introduced for interval type-2 fuzzy C...

full text

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
پژوهنده

جلد ۱۴، شماره ۶، صفحات ۲۸۸-۲۹۴

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023